L’ATBI s’organise en différentes étapes. En premier lieu, les naturalistes, organisés en groupes de terrain ou en individuels, collectent sur des sites définis des spécimens des espèces présentes. Suite à l’étape de tri des collectes des équipes d’identificateurs, chacune spécialisée dans un groupe d’espèces intervient alors. Une fois les spécimens identifiés, l’accent est mis sur leur devenir. Les informations relatives à ceux-ci sont intégrées dans une base de données et un spécimen de chaque espèce collectée est transmis au Muséum national d'Histoire naturelle et au Muséum régional de science naturelle de Turin pour compléter les collections. Enfin, pour certains taxons (la faune du sol, les bryophytes, les champignons et la flore), une partie des spécimens est utilisée pour des opérations de barcoding.

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